Setelah memeluk agama Islam, Yahya Waloni mengganti namanya menjadi Muhammad Yahya. Nama istri Yahya Waloni dari Lusiana menjadi Mutmainnah.
Nama anak-anaknya juga diganti dari Silviana menjadi Nur Hidayah, lalu Sarah menjadi Siti Sarah. Kemudian anaknya yang bernama Zakaria tetap menggunakan nama tersebut.
Yahya Waloni pernah menjabat sebagai Rektor di Sekolah Tinggi Theologia (STT) Calvinis Ebenhaezer di Sorong pada tahun 1997-2004. Pada akhir masa jabatannya sebagai rektor tersebut ia kemudian berpindah ke Balikpapan, Kalimantan Timur.

Foto penangkapan Yahya Waloni oleh tim Bareskrim Polri.
Ia kemudian menjadi dosen di Universitas Balikpapan (Uniba) hingga pada tahun 2006. Yahya Waloni juga pernah menjabat sebagai anggota DPRD di salah satu kabupaten di Sulawesi Utara.
Dalam foto yang beredar viral di media sosial, sosok yang diduga Yahya Waloni terlihat terbaring di rumah sakit dengan selang oksigen. Terlihat tangan Ustadz Yahya Waloni mengenakan selang infus dan selang oksigen pada hidungnya.
Kabar yang beredar, Yahya Waloni tengah terpapar Covid-19. Namun hingga kini belum ada kabar pasti dari pihak keluarga Yahya Waloni.
Salah satu akun Instagram yang mengunggah foto Yahya Waloni terbaring lemah dengan selang oksigen di rumah sakit, @kerjabareng_isback. Sontak foto unggahan ini mendapat banyak komentar.
"@kerjabersama_isback oohhh ya Ampuun.. yg Waloni itu ya namanya?? Orang jahatt ini. Dia knp?? Sakit?? Alhamdulillah," tulis @evita_0105.

Foto Yahya Waloni terbaring lemah dengan selang oksigen di rumah sakit beredar di media sosial. Foto itu malah dicibir netizen.