Penataan Waterfront Labuan Bajo di 5 zona tersebut meliputi Pengembangan Zona A yang dilakukan dengan membangun promenade atau zona pejalan kaki, dilengkapi dengan fasilitas yang nyaman, termasuk taman, kios-kios, dan menara pandang di Bukit Pramuka.
Penataan Zona B merupakan lanjutan pengerjaan yang telah dilakukan Kementerian PUPR di Kampung Air yang meliputi penataan ruang-ruang terbuka dengan tema "Tangga Bajo" yang didesain agar setiap sudut ruang dapat diakses publik, termasuk masyarakat lokal, nelayan, dan warga kampung pesisir.
Panggung-panggung terbuka juga dibangun agar masyarakat dan wisatawan dapat berbaur menikmati pertunjukan seni tradisional atau atraksi seni lainnya.
Selanjutnya pada Zona C akan dilakukan penataan Dermaga di kawasan sekitar Pelabuhan Petikemas Bajo yang akan dipindah ke wilayah Wae Klambu.
Penataan dilakukan dengan memperlebar ruang publik lebih menjorok ke laut dengan membangun sculpture dan fasilitas ruang tunggu, kantor pengelola, pusat informasi, serta plaza festival. Saat ini pesisir pantai tersebut menjadi lokasi bersandar kapal-kapal wisata berbagai jenis, pinisi ataupun yacht, dan menjadi pintu masuk wisatawan mancanegara melalui laut.
Sementara semua kegiatan wisata laut masih bercampur aksesnya dengan kegiatan peti kemas. Selanjutnya, Zona D merupakan area komersial yang disebut dengan kawasan Pantai Marina yang dikelola oleh ASDP Kementerian BUMN.
Pada zona ini akan dilakukan penyelarasan trotoar dengan desain yang sama di sepanjang Jalan Soekarno-Hatta Bawah.
Penataan Zona E merupakan pengembangan dari kawasan wisata kuliner Kampung Ujung yang telah dibangun oleh Kementerian PUPR pada TA 2017-2018 berupa deretan tenda untuk menjual makanan yang didesain berwarna putih dengan sistem knock-down.