Setelah menyelesaikan pendidikan dasar dan menengah, Wempi belajar selama 3 tahun di Akademi Pariwisata Manado. Dia lulus dari program sarjana dan magister di Universitas Cenderawasih.
Wempi mulai bekerja sebagai pegawai negeri pada 1996 dan kemudian menjadi kepala agen pariwisata untuk kabupaten tersebut.
Saat menjabat sebagai bupati, dia memprakarsai Festival Budaya Lembah Baliem, yang dimaksudkan untuk menarik wisatawan ke kabupaten lain yang jauh.

John Wempi Wetipo, anak suku Dani dari Pegunungan Tengah, Jayawijaya Papua yang ditunjuk Presiden Jokowi menjadi Wakil Menteri PUPR.
Tak hanya berprestasi di sektor pariwisata dan pembangunan daerah, Wempi juga tercatat mendapat penghargaan dari Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) untuk pelaporan kekayaan dan dari Kementerian Keuangan untuk manajemen keuangan di Jayawijaya.
Pada hari pelantikan itu Wempi dikejutkan dengan kabar buruk yang berasal dari tanah kelahirannya.
Luka parah dialami oleh dua orang anggota rombongan Balai Besar Pelaksana Jalan Nasional (BBPJN) XVIII Papua yang diserang orang tak dikenal (OTK), Jumat (25/10/2019).
Menurut Kepala BBPJN XVIII, Osman Marbun, La Hanafi, Kepala Satuan Kerja (Kasatker) BBPJN XVIII Jayapura, terkena panah di punggung atas tembus ke paru-paru.

Presiden Jokowi kendarai motor trail saat melintasi jalur Trans Papua.
Dia juga terkena panah di paha. Sedangkan Heri Agus Suprianto (50) karyawan PT Agung Mulia Iriana, terkena panah di bagian leher depan.