Namun, Prabowo menanyakan alasan pencopotan itu.
Ketika itu Habibie pun menjawab bahwa ada gerakan pasukan Kostrad menuju Jakarta, yaitu kediaman Habibie di Kuningan dan Istana Merdeka.
Prabowo pun memberikan penjelasan. "Saya bermaksud untuk mengamankan Presiden," ujar Prabowo.
Setelah itu, Habibie menyanggah. Dia menyebut bahwa mengamankan presiden bukan tugas Pangkostrad, melainkan Pasukan Pengamanan Presiden.
Lagipula, gerakan Pangkostrad dilakukan tanpa sepengetahuan Panglima ABRI.
"Presiden apa Anda? Anda naif!" jawab Prabowo saat itu.
"Masa bodoh, saya Presiden dan harus membereskan keadaan bangsa dan negara yang memprihatinkan," balas Habibie.
Melihat respons Habibie yang tetap keras, Prabowo kemudian meminta tetap diizinkan memegang Kostrad.
"Atas nama ayah saya Profesor Soemitro Djojohadikusumo dan ayah mertua saya Presiden Soeharto, saya minta Anda memberikan saya tiga bulan untuk tetap menguasai pasukan Kostrad," ujar Prabowo.
Soemitro dan Soeharto memang dua nama yang selama ini dihormati oleh Habibie.

Foto keluarga Prabowo Subianto: Kuala Lumpur tahun 1963, Margono Djojohadikusumo (duduk kanan) Prabo