Keputusan besar itu diambil Habibie setelah mendengar laporan Panglima ABRI Jenderal Wiranto mengenai pergerakan pasukan Kostrad secara besar-besaran dari luar kota menuju Jakarta.
Selain itu, sebagian di antara pasukan itu disebut telah "mengepung" kediaman Habibie di Kuningan dan Istana Kepresidenan.

Prabowo Subianto dan Komando Pasukan Khusus (Kopassus)
Setelah mencopot dari jabatan Pangkostrad, Prabowo memang ditempatkan sebagai Komandan Sekolah Staf dan Komando ABRI.
Namun, Prabowo menanyakan alasan pencopotan itu.
Ketika itu Habibie pun menjawab bahwa ada gerakan pasukan Kostrad menuju Jakarta, yaitu kediaman Habibie di Kuningan dan Istana Merdeka.
Prabowo pun memberikan penjelasan. "Saya bermaksud untuk mengamankan Presiden," ujar Prabowo.
Setelah itu, Habibie menyanggah. Dia menyebut bahwa mengamankan presiden bukan tugas Pangkostrad, melainkan Pasukan Pengamanan Presiden.
Lagipula, gerakan Pangkostrad dilakukan tanpa sepengetahuan Panglima ABRI.
"Presiden apa Anda? Anda naif!" jawab Prabowo saat itu.
"Masa bodoh, saya Presiden dan harus membereskan keadaan bangsa dan negara yang memprihatinkan," balas Habibie.