Kedua, dosa politik kepada bangsa Indonesia. Bangsa yang jelas-jelas merdeka dan diproklamsikan pada 17 Agustus 1945, tidak disebutkan tapi justru diganti Republik Indonesia.

Alasan kiai Jombang pemilik Ponpes Shiddiqiyyah menolak merayakan kemerdekaan Republik Indonesia terungkap.
Ketiga, dosa besar kepada Negara Kesatuan Republik Indonesia(NKRI). Negara Indonesiayang tidak pernah dijajah, justru dipahami dan dikatakan merdeka dari penjajahan pada hari proklamasi itu.
“Padahal yang dijajah sebenarnya adalah bangsa Indonesia. Pemerintahan atau Negara Indonesia baru ada sesudah pembacaan proklamasi, setelah ada peralihan kekuasaan yang dimotori Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia (PPKI),” terang Kiai Muchtar.
Nasionalisme Kiai Jombang yang juga diakui oleh Prabowo Subianto dan putri proklamator Soekarno, mendiang Rachmawati Soekarno. Keduanya sempat berkunjung ke Ponpes Shiddiqiyyah pada tahun 2019.
Prabowo Subianto mengunjungi PonpesMajma'al Bahrain Shiddiqiyah pada Minggu (24/2/2019) sore. Kedatangan Prabowo tidak sendiri, melainkan ditemani Rachmawati Soekarnoputri. Keduanya sampai di pesantren dengan helikopter yang mendarat di helipad pondok.
Kiai Jombang Muhammad Muchtar Mu'thi langsung menyambut kedatangan Prabowo. Dalam kunjungan itu, Prabowo juga didampingi oleh putri Proklamator kemerdekaan Indonesia yakni Rachmawati Soekarnoputri. Mereka pun langsung diterima di ruang tamu keluarga Kyai Muchtar.
Kedua pihak selanjutnya melakukan pertemuan tertutup, yang bahkan wartawan pun tidak boleh mendekat dan mengambil foto pertemuan mereka.
Saat kunjungan itu, putri proklamator kemerdekaan Rachmawati Soekarnoputri dalam pidatonya mengungkapkan bahwa sebetulnya dirinya sudah sangat lama ingin berkunjung dan bertemu dengan Kyai Muhammad Muchtar Mu'thi di Ponpes Shiddiqiah. Sebab, Rektor Universitas Bung Karno (UBK), Soenarto Sardiatmodjo merupakan murid dari Kyai Muchtar.
“Saya kebetulan sudah lama diminta untuk datang ke Ponpes ini Oleh karena rektor UBK adalah murid dari Kyai Muchtar Mu’thi dan sekarang saya bisa hadir ke sini. Saya mendengar bahwa pimpinan Ponpes ini seorang muslim patriotik nasionalis. Dan terlebih lagi beliau paham sekali ajaran Bung Karno,” ungkapnya.