"Ini bukan uang curian, bukan uang korupsi, bahkan bukan hasil rampasan uang negara dan uang haram lainnya. Ini murni uang ummat yg rela menyetorkan kepada Kekhalifahan Milik Kaum Muslimin... ????," tulis anggota Khilafatul Muslimin sembari meratapi foto uang Rp 2,3 miliar yang disita polisi.
Menteri Agama Yaqut Cholil Qoumas menyatakan lembaga pendidikan di bawah naungan Yayasan Khilafatul Muslimin tidak terdaftar. Sistem dan kurikulum pengajarannya pun tidak diakui pemerintah.
Sebaliknya, pengurus yayasan mengklaim sistem pendidikan di pesantren yang tersebar di 18 kabupaten dan kota itu merupakan yang terbaik di dunia.
Alasannya, antara lain, pesantren telah menjalankan sistem khilafah, dipimpin seorang khalifah, dan dibiayai dari infak serta zakat orang tua siswa.
Berdasarkan skripsi karya Muhammad Jamaludin, mahasiswa Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya, organisasi Khilafatul Muslimin tersebar di sejumlah wilayah di Indonesia. Setiap organisasi di daerah memiliki khalifah atau pemimpin masing-masing. Mereka juga membentuk struktur pengurus yang mengatur jalannya roda organisasi sehari-hari.
Dalam membentuk kepengurusan organisasi, setiap pemimpin daerah Khilafatul Muslim menggelar perekrutan anggota. Mereka juga menerbitkan kartu anggota sebagai tanda identitas kelompok.
"Organisasi ini dibangun dengan pola-pola kepemimpinan yang mana para pemimpinnya baik dari tingkat pusat sampai wilayah untuk menjadi teladan, selalu memberikan perhatian serta memberi dorongan bagi para pengikutnya," tulis Jamaludin dalam karya skripsinya yang dibuat pada tahun 2020.
Menurut Khilafatul Muslimin kepemimpinan dalam organisasi bisa berjalan apabila memenuhi 5 syarat yang ditetapkan, yaitu perencanaan, pengorganisasian, pelaksanaan perintah, pengawasan, dan evaluasi.
Mereka menyebut pemimpin tiap wilayah sebagai Amir Wilayah atau penanggung jawab atas ummat (Mas‟ulul Ummah) harus pandai-pandai memilih dan menempatkan seorang pembantu atau staf sesuai dengan kemampuan atau keterampilan (skill) nya masing-masing.