Alex Kawilarang kemudian ditugaskan untuk menumpas pemberontakan militer Andi Azis di Sulawesi Selatan.
Dalam operasi tersebut ia diangkat sebagai Panglima dari semua satuan (darat, laut dan udara) yang bertugas menjalankan operasi di wilayah Indonesia Timur.
Setelah pemberontakan tersebut berhasil ditumpas, Alex Kawilarang kembali ditugaskan untuk mengatasi pemberontakan RMS di Maluku dan Kahar Muzakar.
Pada November 1951, Alex Kawilarang diangkat sebagai Komandan Teritorium III Jawa Barat dengan pangkat Letnan Kolonel.
Pada saat inilah Alex Kawilarang memprakarsai dibentuknya Kesatuan Komando yang terlatih bertempur dalam satuan-satuan kecil yang serba bisa dan dapat diandalkan.
Sebagai Panglima Divisi Siliwangi, ia terjun langsung dalam penumpasan gerombolan Darul Islam pimpinan Karto Suwiryo.
Alex Kawilarang diangkat sebagai Atase Militer di KBRI Washington hingga tahun 1957.
Ia selanjutnya mengajukan pengunduran diri karena tidak setuju dengan kebijaksanaan pemerintah pusat dalam menangani kasus Permesta.
Sejak saat itu namanya sering dicantumkan sebagai Kepala Staf Angkatan Perang PRRI/Permesta.
(Putra Dewangga Candra Seta/Surya)