Waktu itu belum dilakukan tes DNA, tetapi berdasar pemeriksaan forensik tidak terdapat kecocokan antara kerangka tersebut dengan ciri-ciri yang disebutkan pihak keluarga. Walaupun hasilnya nihil, pemerintah tetap menetapkan Supriyadi sebagai pahlawan nasional pada 1975.
Sejarawan Belanda, Harry Poeze berdasarkan hasil penelitian selama bertahun-tahun dengan riset kepustakaan dan serangkaian wawancara di Jawa Timur menyimpulkan, Tan Malaka ditembak di Desa Selopanggung, kaki Gunung Wilis, Kediri.
Oleh sebab itu dilakukan penggalian di sana tanggal 12 November 2009. Semula diperkirakan hasilnya sudah bisa diperoleh dalam dua-tiga minggu. Namun terjadi keterlambatan karena kesulitan mendapatkan hasil di Jakarta sehingga sampelnya terpaksa diperiksa di Australia. Namun ini temyata belum membuahkan kesimpulan.
Tanggal 8 Maret 2010 diumumkan laporan penyelidikan tes DNA kerangka jenasah yang diduga Tan Malaka, di Jakarta, setelah tertunda sekian lama. Tim Identifikasi Tan Malaka terdiri atas dua dokter spesialis forensik Djaja Surya Atmadja dan Evi Untoro serta dokter gigi Nurtamy Soedarsono (ahli odontologi forensik).
Pada kedalaman 2 m mereka menemukan sebuah kerangka, tanpa rambut, terbaring dalam posisi miring menghadap ke barat, dengan kedua lengan bawah tersilang ke belakang. Di sekitar leher, tungkai maupun lengan tidak didapatkan tali maupun bahan pengikat lainnya.
Kerangka dalam keadaan rapuh, sebagian besar tulang kecil sudah tidak ada lagi, tulang-tulang panjang hanya ada bagian tengahnya saja, rapuh, dan bagian sumsumnya berisi akar dan tanah.
Sebelumnya, dari pihak keluarga diperoleh keterangan bahwa Tan Malaka tidak merokok, mempunyai gigi geraham yang terbuat dari emas tetapi tidak jelas geraham yang mana.
Tidak lama sebelum meninggal ia pernah ditembak tungkainya (tak jelas apakah tungkai kanan atau kiri), sehingga Tan Malaka agak pincang. Ia juga mengidap penyakit paru menahun, yang ditandai dengan adanya riwayat sesak napas.
Pemeriksaan antropologi forensik menunjukkan kerangka tersebut seorang laki-laki, ras Mongoloid, tinggi badan 163 - 165 cm, dikubur secara Islam, tanda patah tulang tidak jelas.