Pemeriksaan odontologi forensik terhadap rahang dan gigi geligi menunjukkan kerangka adalah seorang laki-laki, ras Mongoloid, usia 40 - 60 tahun, atrisi berat pada semua permukaan gigi depan, dan ada riwayat pernah sakit gigi.
Pemeriksaan DNA yang dilakukan pada kasus ini adalah pemeriksaan Y-Short Tandem Repeats (Y-STR). Y-STR merupakan DNA inti (c-DNA) yang diturunkan secara total dari seorang pria kepada semua anak laki-lakinya. Pada kasus ini, Y-STR diturunkan oleh ayah Tan Malaka kepada Tan Malaka dan adik laki-lakinya.
Adik laki-lakinya kemudian menurunkan DNA yang sama kepada anak laki-lakinya, yaitu Zulfikar yang sekarang masih hidup. Jika benar kerangka yang diperiksa adalah Tan Malaka, maka profil Y-STR dari kerangka tersebut akan sama persis dengan profil Y-STR dari Zulfikar.
Pemeriksaan terhadap sampel gigi maupun tulang atap tengkorak tidak berhasil mendapatkan DNA manusia dari sampel-sampel tersebut, sehingga tidak berhasil didapatkan profil Y-STR dari kerangka tersebut.
Pengulangan pemeriksaan Y-STR terhadap sampel-sampel tersebut pada beberapa lab DNA lainnya, baik di dalam dan maupun di luar negeri, juga gagal mendapatkan DNA dan profil Y-STR dari kerangka yang diduga Tan Malaka tersebut.
Sampai saat ini, tim investigasi masih berusaha untuk mengekstraksi dan mencari profil Y-STR kerangka di lab DNA lain, yaitu di Korea Selatan dan RRC.
Penyebab terjadinya keadaan "kerangka tanpa DNA" seperti yang ditemukan pada kasus ini dikenal sebagai kasus bog body, yang dapat terjadi akibat pengaruh lingkungan yang lembab dan basah di sekitar kerangka, yang terkubur di daerah aliran sungai. (Dr. Asvi Warman Adam, sejarawan LIPI, di Jakarta)