Pada 1993, ia mulai mengajar sebagai dosen di IAIN Walisongo.
Ia kemudian menjadi dosen di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta mulai tahun 2014.
Abdul Mu'ti adalah salah satu Advisor di The British Council London sejak 2006.
Ia pernah menjabat sebagai Sekretaris PWM Jateng periode 2000-2002.
Pada 2005-2006, ia menjadi Ketua Umum PP Pemuda Muhammadiyah.
Kemudian, Abdul Mu'ti menjadi Sekretaris Majelis Dikdasmen PP Muhammadiyah 2005-2010.
Guru Besar UIN Syarif Hidayatullah
Abdul Mu'ti telah dikukuhkan menjadi Guru Besar bidang ilmu pendidikan Agama Islam di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta pada 2 September 2020.
“Menjadi guru besar adalah awal saya belajar,” ucap Abdul Mu’ti saat penyampaian orasi ilmiah atas pengukuhan Guru Besar, dikutip dari suaramuhammdiyah.id.
Pada acara tersebut dihadiri oleh Mantan Wakil Presiden RI, Jusuf Kalla; Menko PMK, Muhadjir Effendy; Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI, Nadiem Makarim; dan Mantan Menteri Agama RI, Lukman Hakim Saifuddin.