Pada tahun 2014, namanya masuk dalam jajaran Kabinet Kerja bentukan Presiden Joko Widodo (Jokowi) yang baru memenangi Pilpres 2014.
Jonan terpilih menjadi Menteri Perhubungan yang berasal dari kalangan profesional.
Saat menjabat Menhub, Jonan sempat menyatakan keberatan dengan megaproyek Kereta Cepat Jakarta-Bandung.

Ignasius Jonan panen sayuran yang telah ia tanam
Saat menjabat Menhub, Jonan sempat menyatakan keberatan dengan megaproyek Kereta Cepat Jakarta-Bandung.
Diberitakan Harian Kompas, 1 Februari 2016, izin trase dari Kementerian Perhubungan sempat terkatung-katung lantaran Jonan belum menerbitkan izinnya.
Menurutnya, alasan belum keluarnya izin, karena dirinya tegas mengikuti koridor regulasi.
"Saya kira publik tidak pernah memahami UU No 23/2007 tentang Perkeretaapian dan peraturan menteri yang mengikutinya. Kalau mereka tahu, mereka akan mengerti saya hanya menjalankan undang-undang," kata Jonan saat itu.
"Mereka sebagai pengusaha tentu akan minta kemudahan sebanyak-banyaknya. Kementerian BUMN tentu minta sebanyak-banyaknya, kita yang harus mengaturnya," tambah Jonan.
Dia menegaskan, pihaknya sama sekali tidak mempersulit perizinan kereta cepat. Asalkan, semua persyaratan bisa dipenuhi.