Dia terkena gelombang reshuffle kabinet dan digantikan posisinya oleh Budi Karya Sumadi yang sebelumnya menjabat sebagai Dirut Angkasa Pura II.
Belakangan, Jonan kembali masuk kabinet. Dia ditunjuk Jokowi menjadi Menteri ESDM pada 14 Oktober 2016.
Itu terjadi setelah polemik penunjukan Arcandra Tahar sebagai menteri namun masih memiliki kewarganegaraan AS.
Usai tak lagi menjabat menteri, Jonan menyibukkan diri dengan mengurusi bisnis miliknya dan beberapa kali menjadi pembicara di bergai forum.
Kegiatan lain yang dilakoninya belakangan ini yakni bercocok tanam sayuran hidroponik di rumahnya di Jakarta Selatan.
Bukan lulusan bidang pertanian tak menjadi halangan. Dia banyak belajar dari tutorial di internet hingga bisa menanam sampai balkon rumah.
"Saya bukan hanya bisa menjalankan kereta api saja, menanam juga bisa. Ini salah satu kegiatan saya selain sebagai motivator," celotehnya dalam Marketeers Hangout, Kamis (18/6/2020).
Jonan bercerita, awal mula belajar bercocok tanam saat dia tak lagi didapuk jadi pejabat publik.
Merasa punya banyak waktu, akhirnya dia putuskan untuk menanam tanaman hidroponik di dalam rumah.