Sarwo Edhie tidak jadi diberangkatkan ke Rusia, tapi dialihkan ke Irian Barat menjadi Pangdam XVII/Cenderawasih (1968-1970).
Gerakan 30 September atau G30S/PKI terjadi saat Sarwo Edhie menjadi Komandan RPKAD
Pada pagi hari tanggal 1 Oktober 1965, enam jenderal, termasuk Ahmad Yanidiculik dari rumah mereka dan dibawa ke Pangkalan Udara Halim Perdanakusuma.
Hari itu dimulai seperti biasanya bagi Sarwo Edhie dan pasukan RPKAD yang sedang menghabiskan pagi mereka di markas RPKAD di Cijantung, Jakarta.
Kemudian Kolonel Herman Sarens Sudiro tiba. Sudiro mengumumkan bahwa ia membawa pesan dari markas Kostrad dan menginformasikan kepada Sarwo Edhie tentang situasi di Jakarta.
Sarwo Edhie juga diberitahu oleh Sudiro bahwa Mayor Jenderal Soehartoyang menjabat sebagai Panglima Kostrad diasumsikan akan menjadi pimpinan Angkatan Darat.
Setelah memberikan banyak pemikirannya, Sarwo Edhie mengirim Sudiro kembali dengan pesan bahwa ia akan berpihak dengan Soeharto.
Setelah Sudiro pergi, Sarwo Edhie dikunjungi oleh Brigjen Sabur, Komandan Cakrabirawa.