Tak heran jika Habibie dianggap sebagai 'Bapak' oleh warga Timor Leste, juga memiliki kedekatan hubungan dengan presiden pertamanya, Xanana Gusmao.
Selain berperan dalam kemerdekaan Timor Leste, di era kepemimpinan BJ Habibie pula Xanana Gusmao bebas sebagai tahanan politik.
Mantan Presiden Timor Leste ini memang sempat menjadi tahanan politik pada masa pemerintahan Soeharto.
Kemudian ketika Habibie yang menggantikan Soeharto menjabat sebagai presiden selepas berakhirnya Orde Baru, Xanan Gusmao dibebaskan.
Kedekatan hubungan antara kedua tokoh ini pun sempat menjadi sorotan dan diperbincangkan ketika mendiang BJ Habibie terbaring sakit di rumah sakit.
Sebuah video di media sosial sekitar akhir Juli 2019, menggambarkan mantan Presiden Timor Leste Xanana Gusmao menjenguk Presiden ketiga Republik Indonesia Bacharuddin Jusuf Habibie.
Melansir Kompas.com, Ketua Dewan Pengurus The Habibie Center, Dewi Fortuna Anwar mengatakan, peristiwa itu terjadi di kamar perawatan Habibie di RSPAD Gatot Soebroto pada akhir Juli 2019 lalu.
"(Peristiwanya tanggal) 22 Juli 2019, pukul 10.00-11.00," kata Dewi saat dikonfirmasi Kompas.com, Kamis (12/9/2019).
Dalam video itu Xanana yang mengenakan kemeja batik tampak berada di samping tempat tidur tempat Habibie berbaring.