Disebutkan, Benny telah puluhan tahun menentang bergabungnya Papua Barat ke Indonesia dan berupaya menjadikan Papua merdeka. Ia menempati posisi sekretaris jenderal Dewan Musyawarah Masyarakat Koteka (DMMK).
Pada 2002, Benny mendapat suaka. Ia kabur ke Inggris setelah diburu pemerintah atas tuduhan berbagai aksi kekerasan. Dalam lobi-lobi saat itu, tawaran pemerintah Indonesia seluruhnya ditolak mentah-mentah.
Pada 11 Juni 2002, disebutkan bahwa Benny ditangkap polisi lantaran dugaan telah menghasut masyarakat dan memimpin sejumlah pertemuan gelap menyerang pos-pos TNI/Polri saat itu.
Penangkapan tersebut tak diterima masyarakat Jayawijaya. Mereka melakukan demo ke kantor DPRD Papua dengan tuntutan segera membebaskan Benny Wenda. Saat itu, polisi menyita barang bukti berupa paspor Indonesia dan paspor Papua Nugini milik Benny.
Baca Juga: Siapakah Benny Wenda, Orang Papua yang Disebut Moeldoko Sebagai Dalang Kerusuhan di Bumi Cendrawasih

Benny Wenda, sosok yang disebut Moeldoko sebagai dalang di balik kerusuhan Papua.
Pada 29 Oktober 2002, Benny dan satu tahanan lain, Lasaeus Welle melarikan diri dari rumah tahanan dengan mencongkel jendela kamar mandi.
Benny merupakan saudara kandung dari pimpnan Organisasi Papua Merdeka (OPM) Pegunungan Tengah, Matias Wenda. Penyerangan Polsek Abepura pada 6 Desember 2001 silam diduga atas kerja sama Benny bersama Matias di wiayah perbatasan Jayapura-Papua Niugini (PNG).
Sekitar 500 warga Jayawijaya dikerahkan ke perbatasan Jayapura-PNG dengan dalih alasan keamanan di Jayapura tak terjamin. Kelompok ini juga melakukan pembantaian enam warga pendatang pekerja kayu di perbatasan RI-PNG pada Desember 2001.

Pimpinan KKB Goliath Tabuni (kiri) dan Lekagak Telenggeng
Kerusuhan Papua dan Papua Barat yang memanas pada Agustus 2019 lalu juga disebutkan ada peran Benny Wenda. Diberitakan Kompas.com, 2 September 2019 lalu, Benny Wenda mengaku mengeluarkan surat edaran yang menginstruksikan agar rakyat Papua tak ikut upacara kemerdekaan.