“Dia selalu jadi siswa paling kecil dan paling muda di kelas. Begitu juga saya,” tulis Ainun dalam sebuah buku yang dibuat suaminya.
Mereka pun kerap dijodoh-jodohkan yang akhirnya jadi kenyataan.
Selepas SMA, putri keempat dari delapan bersaudara keluarga H. Mohammad Besari ini melanjutkan kuliah di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (UI).
Setelah menjadi dokter, ia sempat bekerja di RS Cipto Mangunkusomo (RSCM), Jakarta kendati tak lama karena bertemu lagi dengan kawan lamanya, Habibie, yang saat itu sedang berlibur ke Jakarta.

5 Kata Mutiara Ainun Menjadi Alasan Habibie Sukses Dalam Kariernya, Salah Satunya Harus Dicontoh Istri Masa Kini!
Pada masa itu, Habibie yang mendapat beasiswa Pemerintah Indonesia, kuliah di Universitas Technische, Jerman.
Alkisah, cinta lama pun bersemi kembali. Tanpa menunggu lama-lama, Habibie melamar Ainun dan mereka pun menikah 12 Mei 1962.
Adalah Kaliurang, Bali, dan Ujungpandang yang menjadi saksi bisu bulan madu pasangan pengantin baru ini.

Ilham dan Ainun Habibie, "Ibuku bermata indah."
Setelah itu, Ainun terpaksa meninggalkan pekerjaannya di RSCM demi mendampingi sang suami meneruskan pendidikan doktornya di Jerman.