Pemerintah Indonesia terus berupaya untuk melakukan pembangunan di Timor Leste, tetapi ada golongan yang tidak puas dan melakukan tindakan separatis.
Sebelumnya Indonesia melakukan perundingan dengan Portugis.
Bahkan, kedua negara membuat perjanjian referendum di Timor Leste pada 5 Mei 1999.
Perjanjian dua negara itu dikenal sebagai New York Agreement dengan adanya pengawalan masalah oleh PBB.
Kemudian dibentuk United Nations Mission in East Timor (UNAMET) pada 11 Juni 1999.
- Memisahkan diri dari Indonesia
Referendum ini didukung PBB yang juga mengakhiri konflik yang terjadi sebelumnya.
Adapun konflik berlatar belakang dengan kondisi rakyat Timor Leste yang hidup dalam konflik, kelaparan, hingga penyakit.
Tercatat, lebih dari 250.000 korban meninggal dari dampak tersebut.