Dirinya juga mengklaim akibat serangan udara itu kakinya putus satu.
Maka setelah rezim Soeharto tumbang, Benny Wenda lantas angkat senjata meminta papua merdeka walaupun keluarganya sendiri memilih bergabung dengan NKRI
Ia melakukan lobi-lobi kepada pemerintahan Indonesia.
Kepada Majalah Tempo, Benny Wenda juga mengkritik kebijakan Presiden Joko Widodo soal Papua yang masih menggunakan pendekatan militer.
Benny Wenda memuji presiden keempat RI Abdurrahman Wahid atau Gus Dur yang melakukan pendekatan kemanusiaan.
Cara yang dilakukan Gus Dur antara lain mengganti nama Irian Jaya menjadi Papua dan membolehkan pengibaran bendera Bintang Kejora selama bersanding dengan bendera Merah Putih.
"Hanya Gus Dur yang berani membela Papua. Dia juga menyebutkan Bintang Kejora sebagai lambang budaya kami," ujar Benny Wenda.
Pada akhir 2008, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) menerbitkan buku "Papua Road Map" sebagai hasil penelitian pemetaan masalah utama di Papua.
Dalam penelitiannya, LIPI menyebut persoalan marjinalisasi, diskriminasi dan pelanggaran HAM sebagai bagian dari banyak isu utama di Papua.