Namun, ketika kekuasaan Indonesia berpindah tangan pada Soeharto, anak asuh TNI itu justru berbalik menjadi musuh.
Soeharto memutuskan berdamai dengan Malaysia.
Kemudian, pasukan gerilya itu diminta untuk menurunkan senjata.
Namun, PGRS dan Paraku rupanya mengabaikan permintaan itu.
Mau tak mau, pihak TNI pun harus menertibkan aksi para gerilyawan itu.
Akhirnya, AM Hendropiyono bersama timnya bernama Sandi Yudha turun tangan bertempur di hutan rimba kawasan Kalimantan.
Sandi Yudha ini merupakan satuan intelijen tempur milik pasukan elite yang kini bernama Kopassus.
Awalnya, AM Hendropriyono berusaha keras untuk mengambil hati lawan tanpa tindakan keras.
Tim Sandi Yudha ini beberapa kali berhasil mencuri simpati mereka.
Satu di antaranya, dengan Wong Kee Chok, komandan PGRS.