Menurut dia, tidak ada alasan untuk melakukan kudeta.
"Inkonstitusional, tidak demokratis, dan lebih berat lagi, secara psikologis saya ini kan terkait dengan keluarga Pak Harto. Kalau Pak Harto sudah menyerahkan ke Habibie, masak saya mau kudeta?" ujar Prabowo.
"Anda tahu paman saya gugur sebagai pahlawan muda. Kakek saya pejuang. Moyang saya, selalu berjuang melawan penjajah kolonial Belanda. Bagaimana mungkin saya menodai garis keturunan yang begitu saya banggakan, dengan berpikir mengambil alih kekuasaan secara inkonstitusional," lanjutnya.
Setelah memutuskan pencopotan Prabowo yang digantikan sementara oleh Letjen Johny Lumintang, Habibie mendapat laporan bahwa Prabowo ingin bertemu.
Habibie mengaku menyimpan kekhawatiran saat menantu presiden kedua RI Soeharto itu ingin bertemu.
"Bagaimana sikap dan tanggapan Pak Harto mengenai kebijakan saya menghentikan Prabowo dari jabatannya sebagai Pangkostrad? Apakah Beliau tersinggung dan menugaskan menantunya untuk bertemu saya," tulis Habibie dalam buku Detik-detik yang Menentukan Jalan Panjang Indonesia Menuju Demokrasi (2006). Hal lain yang mengganggu pikiran Habibie adalah jika Prabowo membawa senjata.
Menurut peraturan, siapa pun yang menghadap Presiden memang tidak diizinkan membawa senjata.
"Tentunya itu berlaku untuk Panglima Kostrad. Namun bagaimana halnya dengan menantu Pak Harto? Apakah Prabowo juga akan diperiksa? Apakah pengawal itu berani?" tulis Habibie.